Il film è ambietato un paio di anni dopo la fine dell'anime. La storia è ambientata in Germania, a Monaco, nel 1923. Edward, che ora utilizza rudimentali automail per sostituire gli arti perduti, è ancora intrappolato nel mondo che si trova al di là del cancello, il mondo reale, cercando un modo per riuscire ad attraversare nuovamente il cancello. Ma in seguito a tutti i tentativi falliti, comincerà pian piano a perdere le speranze. Qui Edward incontra un ragazzo somigliante in tutto e per tutto a suo fratello, di nome Alphonse Heiderich, suo compagno di ricerche per il lancio del razzo. L’unica differenza sono i capelli leggermente più chiari e gli occhi azzurri. Vive assieme a Edward, ed è stato incaricato da un patrono, di cui non si conoscono né identità né intenzioni, di occuparsi della ricerca del razzo. Non sa se esista veramente il mondo che l’amico tenta di raggiungere ad ogni costo, ma tenterà di aiutarlo a tornare a casa. Durante un esibizione ad una fiera, nella quale i due assieme al loro gruppo devono mostrare il funzionamente di un razzo rudimentale, conosce una strana ragazza, Noah. Questa è dotata di poteri paranormali, solo toccando una persona è in grado infatti di vedere il suo passato o il suo futuro. Edward decide di ospitarla a casa sua, visto che si trova nei guai. Il giorno dopo per caso Edward incontra un misterioso uomo, Mabuse, alter ego di Pride, che lo informa di un enorme “serpente” che sta infestando un castello in rovina. Inizialmente, Ed non fa troppo caso alla notizia, ma una volta raggiunto il castello capisce che il drago non è altro che Envy. Nel frattempo, un’altra associazione sta tramando nell’ombra: la Thule Society, capeggiata da Karl Haushofer. Questa associazione è alla ricerca della chiave di Shambala, nel buddismo tibetano “Il regno perfetto”; “Chi conquisterà Shambala potrà dominare anche il mondo”, queste le parole del leader dell’associazione. La chiave per raggiungere Shambala è un drago. Infatti l'associazione si muoverà in fretta, riuscendo a catturare Envy.
Al, il “vero”, nel frattempo si è allenato costantemente per due anni, dopo aver recuperato il suo corpo. E’ diventato un famoso alchimista nel suo mondo, e veste esattamente come il fratello. E’ in grado di attuare alchimie semplicemente battendo le mani, grazie a due particolari cerchi alchemici disegnati sul palmo dei suoi guanti. Non ha memoria del suo passato, ma è grato al fratello per quello che ha fatto, ed è deciso più che mai a ritrovarlo. Roy dal suo canto ha deciso invece di rinnegare l'alchimia, a causa di quello che ha passato, diventando un semplice militare.
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